Ende 1935 wurde der Neubau der Lutherkirche beschlossen. Mit der Planung wurden die Architekten Glogner und Vermehren beauftragt, die bereits Gemeindesaal und Pastorat von 1914 entworfen hatten. Die Architekten haben auch das Empfangsgebäude des Lübecker Hauptbahnhofes, das Marienwerkhaus und das Casino Travemünde gebaut.
Die Kirche wurde nicht wie ursprünglich geplant an den Gemeindesaal angefügt, sondern dieser wurde abgerissen und der Platz neu überbaut. Der Altar liegt entgegen kirchlichen Traditionen nicht nach Osten (Symbol des ewigen Lichts), sondern nach Norden (Germanien). Ob dies aus weltanschaulichen oder aus baulichen Erwägungen so entschieden wurde, ist nicht in den Akten überliefert. Zu den üblichen Gottesdienstzeiten scheint kein „Osterlicht“ in die Kirche.
Die neue Kirche wurde - anders als z.B. der zeitgleiche Kirchneubau in Hamburg-Wellingsbüttel - nicht mit unmittelbarer NS-Symbolik wie z.B. einem Hakenkreuz ausgestattet. Dennoch ist die Kirche deutlich von architektonischen Idealen jener Zeit wie dem Heimatschutzstil und der Neoromanik geprägt.
„Der ganze Bau trägt eindeutig den Charakter einer nordischen Wehrkirche und will von Trotz und Geborgenheit zugleich künden“, heißt es in einer zeitgenössischen Beschreibung. Der weitläufige Treppenaufgang ebenso wie der bühnenartig gestaltete Altarraum bieten Raum für große Inszenierungen.
Der heruntergezogene Dach auf der Ostseite erinnert an ein niederdeutsches Bauernhaus, der romanisch wirkende Säulengang wurde vom Vorgängerbau - dem alten Gemeindesaal - übernommen. Obgleich die Kirche zu weiten Teilen ein Betonbau ist, dominiert nach Außen der Eindruck eines traditionellen regionalen Backsteinbaus.
Entlang der kastenförmigen Sitzbänke führt der Mittelgang nach vorne zu dem von vier mächtigen Triumphbögen umrahmten Altarraum. In der Mitte hinter dem wuchtigen, aber schlichten Altar befand sich ein einfaches, fünf Meter hohes Eichenkreuz ohne Korpus, das von einer übermannsgroßen Figurengruppe umstanden war. Die 1937 von Otto Flath gearbeitete Skulptur zeigt eine idealtypische deutsche Familie nach nationalsozialistischen Vorstellungen.
1990 hat der damalige Kirchenvorstand entschieden, die Figuren vom Altar zu nehmen und in den Seiteneingang der Kirche zu stellen.
Im Zuge der Sanierung der Kirche 2013/14 wurden ein Künstlerwettbewerb zur Umgestaltung des Altarraumes ausgeschrieben. Der Münchner Künstler Werner Mally konnte sich mit seinem Entwurf durchsetzen. Er hat das verbliebene Großkreuz abgenommen und stattdessen ein orange-rotes Fresko auf die Wand aufgebracht.