Zu intensiven Diskussionen über die politische Einordnung des Künstlers kam es in den frühen 2000er Jahren. 1999 hatten seine Tochter und sein Stiefsohn eine private Stiftung gegründet, in die ein großer Teil des väterlichen Nachlasses überführt wurde. Es kam zu einem Vertrag mit der Klosterkammer Hannover, einer Behörde des Landes Niedersachsen, wonach das Werk Klahns zur Verfügung gestellt und im Kloster Mariensee ausgestellt werden sollte. Nachdem deutlich wurde, dass die politische Einordnung von Klahn widersprüchlich ist, gab die Klosterkammer mehrere kunsthistorische bzw. historische Gutachten über den Künstler in Auftrag 2 um zu klären, ob eine öffentliche Einrichtung den offenbar politisch fragwürdigen Künstler überhaupt ausstellen könne. Übereinstimmend kamen die Gutachten zu der Einschätzung, dass Erich Klahn völkisch-niederdeutsches und nationalsozialistisches Gedankengut verbreitet und die Weimarer Republik abgelehnt habe. Daraufhin kündigte die Klosterkammer 2014 den Vertrag mit der Klahn-Stiftung, die diese Urteile jedoch von sich weist und gegen die Vertragskündigung klagte. Sie erhielt 2017 vom Bundesgerichtshof in 3. Instanz Recht – das Urteil bezog sich allerdings auf formale Aspekte des Vertrages. 2018 einigten sich Klahn-Stiftung und Klosterkammer in einem Vergleich: Die Klosterkammer muss die Klahnschen Werke nicht mehr ausstellen, die Stiftung erhielt einen sechsstelligen Betrag, um die Werke an einen anderen Ort verlagern zu können.